Ved en del MR-undersøkelser kan det være behov for å injisere kontrastmiddel i blodårene. Ulike vev har ulik evne til å ta til seg kontrastmiddel, og sykt vev kan ha et annet kontrastopptak enn friskt vev. Dermed vil kontrastmidler endre signalintensitetene (gråtoner) mellom ulike vev, og kan være en hjelp i karakterisering av vev. 

Kontrastvæskene som benyttes ved MR-undersøkelser inneholder metalliske grunnstoffer som endrer vevenes magnetiske egenskaper. Væsken injiseres som regel i en vene i albuen. Det utvises forsiktighet ved graviditet og amming.

Alvorlige bivirkninger av magnettomografikontrastmidler er meget sjeldne. Milde bivirkninger som smaksfornemmelser kan forekomme.

Dotarem, den vanligste MR kontrastmiddel brukt ved St Olavs hospital i Trondheim
Dotarem, den vanligste MR kontrastmiddel brukt ved St Olavs hospital i Trondheim